Hiện nay, Bảo tàng Tôn Đức Thắng có 05 phòng trưng bày thường trực (Thời niên thiếu của Chủ tịch Tôn Đức Thắng; Cuộc đời và sự nghiệp; 15 năm tù Côn Đảo; Bác Tôn tại ATK - Việt Bắc; Bác Tôn qua các tác phẩm mỹ thuật) và 01 phòng trưng bày chuyên đề (Tặng phẩm của Chủ tịch Tôn Đức Thắng), với diện tích trên 700m2. Bảo tàng đã thể hiện một cách sinh động, khái quát về cuộc đời và sự nghiệp của Tôn Đức Thắng qua hơn nhiều hiện vật, tài liệu, hình ảnh. Bảo tàng có hệ thống trưng bày với khoảng 1.000 hiện vật, tài liệu, hình ảnh. Sau nhiều đợt đón nhận hiến tặng, Bảo tàng hiện đang lưu giữ hơn 16.500 hiện vật, tư liệu, phim tư liệu trong đó có những tư liệu quý về cuộc đời và sự nghiệp cách mạng của Chủ tịch Tôn Đức Thắng cùng những người lãnh đạo Đảng, Nhà nước và Chính phủ Việt Nam qua các thời kỳ.[1][4]

Một số di vật tiêu biểu như:

• Ngôi nhà thời niên thiếu tại cù lao Ông Hổ (xã Mỹ Hòa Hưng - An Giang)
• Hình ảnh người thanh niên Tôn Đức Thắng nǎm 18 tuổi lên Sài Gòn học việc và làm thợ máy
• Chiếc rương gỗ dùng thời gian là học sinh trường Cơ khí Á Châu.
• Những sự kiện kéo cờ phản chiến ở Biển Đen, sáng lập Công hội và lãnh đạo phong trào đấu tranh của công nhân Sài Gòn những nǎm 1920
• Hình ảnh "Hầm xay lúa" - nơi người "cặp-rằng" Hai Thắng

Và các chuyên đề mở rộng có liên quan đến hoạt động của Chủ tịch Tôn Đức Thắng như: Viên ngọc Côn Sơn, Bác Hồ và Bác Tôn, Cuộc sống đời thường của Chủ tịch Tôn Đức Thắng, Bác Tôn trong lòng nhân dân thế giới.

Vào năm 2013, Bảo tàng ra mắt và giới thiệu đến công chúng Tuyển tập ảnh "Hiện vật về Chủ tịch Tôn Đức Thắng". Ấn phẩm gồm 74 ảnh hiện vật và những câu chuyện kể về hiện vật liên quan đến Bác Tôn, thể hiện tấm gương đạo đức của Chủ tịch Tôn Đức Thắng cũng như tình cảm của nhân dân trong nước và quốc tế đối với Bác Tôn,[4] tổ chức Trại sáng tác với chủ đề "Bác Tôn và quê hương An Giang" qua tranh vẽ tại tỉnh An Giang cho 350 em thiếu nhi.[5] Nhân đây, bảo tàng cũng khai mạc trưng bày chuyên đề "Chuyện giáo dục gia đình qua những bức thư" và phát hành tuyển tập ảnh Hiện vật về Chủ tịch Tôn Đức Thắng. Ông Vũ Khiêu đã gởi tặng bảo tàng 2 câu đối: "Nổi trống Ba Son, biển cách mạng dạt dào sóng đỏ"/"Treo cờ Hắc Hải, bóng anh hùng cao vút mây xanh".[1]